目的：比较手术与非手术科室医疗纠纷的特征差异，分析司法鉴定与医学会医疗事故鉴定对责任判定的影响，为完善医疗纠纷防范与鉴定制度提供参考。方法：收集2012—2024年江苏某三甲医院144例医疗损害或医疗事故鉴定书，采用SPSS 27.0进行卡方检验，回顾性分析科室类型、鉴定机构、责任认定等因素的分布特征。结果：手术科室纠纷主要源于手术操作（36.67%）及术后管理（20.00%），责任程度以对等至主要为主（55.56%），损害后果多为伤残（52.22%）；非手术科室纠纷多因用药问题（44.44%），责任程度以无至轻微为主（66.67%），损害后果多为死亡（59.26%），组间差异有统计学意义（P < 0.01）。司法鉴定机构承办66.67%的案件，其责任判定多倾向于轻微及对等责任（50.00%），而医学会医疗事故鉴定则多判定为次要及主要责任（64.10%），二者差异有统计学意义（P < 0.01）。结论：不同科室的医疗风险环节和责任程度存在显著差异。鉴定机构属性影响责任认定结果，司法鉴定的中立性更易获得患者认同。建议加强医疗鉴定监管，推行电子化知情同意与第三方见证机制，并针对科室特点实施精准风险管理。