目的：分析南京地区新生儿先天性心脏病（CHD）的流行趋势及影响因素，为制定区域性CHD防控策略提供科学依据。方法：采用回顾性研究方法，收集2021年1月1日至2024年12月31日南京某妇产医院81 891例活产新生儿资料，采用描述性分析、χ2检验及趋势χ2检验进行统计分析。结果：共确诊CHD 4 839例，总发病率为5.91%，整体呈显著上升趋势（P < 0.01），2023年后增幅明显。CHD亚型以卵圆孔未闭（5.57%）、动脉导管未闭（3.97%）为主，中重度三尖瓣返流（0.53%）相对高发，严重CHD发病率均低于0.03%。CHD以复合型畸形（71.90%）、待确认型轻症（71.48%）为主。多因素分析显示，外地户籍、高龄分娩、高孕产史产妇以及男性、胎龄<37周、出生体重<2 500 g的新生儿CHD发病率显著升高（P < 0.05）。结论：南京地区新生儿CHD发病率较高且呈上升趋势，与母体及新生儿多方面因素密切相关。建议孕14~16周可开展胎儿心脏彩超筛查，重点关注复合型畸形及中重度三尖瓣返流，为区域CHD精准防控提供新方向。