公立医院集中建设制工程项目下，内部审计积极转变监督模式，嵌入工程建设流程以加强审计功能。本文聚焦嵌入式审计的审计风险研究，系统阐述建立审计风险指标体系对提升审计监督质效的重要意义。通过搭建审计风险指标体系，以30家公立医院问卷为样本，对各指标风险进行可能性和影响程度评价，并通过对审计风险进行描述性分析和因子分析，最后提出针对性建议，为强化嵌入式审计的全流程监督效能提供理论支撑与实践路径。