目的：为公立医院包括临床科室和医技科室在内的所有学科综合评价指标体系的实际应用提供数据处理方法参考。方法：查询统计学中对特殊数据的处理方法，采用相匹配的方法对评分标准不同以及偏态分布的数据进行处理，并以南京某三甲医院进行实证研究，将数据处理后的结果与官方或第三方评价进行比较分析。结果：公立医院学科综合评价分为加分项和扣分项两个维度，其中加分项维度数据经平方根法处理后符合正态分布，扣分项维度数据经二次平均法处理后符合医院实际情况，各学科总得分和排名相比较数据处理前，与第三方评价排名或学科本身实力更为相符。结论：公立医院学科综合评价实际使用中，需选择合适的数据处理方法，并结合实际进行验证，确保评价结果的科学性和准确性，现有对学科不同维度数据处理的平方根法和二次平均法有一定的借鉴意义。此外，需持续优化综合评价指标，平衡各类科室考核标准，提高评价结果可靠性。