近年来，科研经费占医院资金的比重逐年增加，医院财务部门在贯彻落实政府会计制度过程中，科研经费的会计核算是一大难点。作者从公立医院科研经费会计核算的特点出发，就政府会计制度实施后，医院科研经费会计核算实操层面科研收入确认方法的选择、科研项目辅助核算的设置、科研资金购置固定资产的核算三个难点问题进行了探讨，提出新建科研项目“以支定收”，预算会计按项目设置辅助核算，固定资产按资金来源设置明细会计科目的会计核算建议，以解决科研经费核算难点。